利用自然界土壤中存在的放線菌、酵母菌、桿菌、桔草芽胞桿菌等水解菌、產酸菌和甲烷菌等微生物菌種，經優化組合、人工馴養、繁殖，開發成功高效微生物菌群，對糞尿進行生態凈化處理。

當糞尿與微生物及載體充分混合后，首先，微生物水解菌種釋放具有降解有機物功能的高蛋白酶，將糞尿中的有機物降解為糖、脂肪酸和氨基酸等小分子有機物，微生物產酸菌種再將其降解為有機酸，經甲烷菌的進一步作用及代謝、完全氧化分解為水、氣體等簡單的無機物，而其自身也同時以幾何級數繁殖。

產生的水分及其它氣體直接蒸發排出，分解后極少量的余渣富含有機質、N、P、K和微量元素，可回收為高效有機肥料，同時包含大量好氧微生物的高效生物活性肥料，可將糞尿中的臭氣吸收轉化，實現糞尿的分解、脫臭、凈化一體化處理，而糞尿中的大腸桿菌、寄生蟲卵等有害病菌及雜菌也被微生物群落所吞噬，從而實現安全衛生無害化。

生態廁所主要特點
1)免沖水  與傳統的水沖廁所相比，在計算泄漏的情況下，微生物生態廁所每個廁位每月可節省78m3的潔凈水。一個2廁位微生物生態廁所一年就可減少污水處理廠2385m3的污水處理量；
2)免清掏 微生物生態廁所的最終產物為水蒸氣、二氧化碳及微量的氨氣，不需要清掏，就地處理，避免二次污染；
3)無臭味 微生物生態廁所中，好氧微生物的繁殖，消耗掉了產生臭味的氣體。生化反應將其轉化為二氧化碳、水蒸氣等穩定物質。所以，微生物生態廁所不會產生刺激性臭味。還有微生物載體本身就有消耗和吸附臭味的生化特性。這種載體還可以在需要除臭的場所作為除臭基料使用；
4)無害化 在微生物生態廁所的生化反應過程當中，有益微生物將病原菌和蛔蟲卵消耗掉。另外，生化反應產生的溫度也會對人糞尿進行消毒；
5)資源化  糞尿通過生化反應槽直接消化處理，節省大量水資源和人力、物力；
6)自動化  生化處理過程由IC板自控自調，自動化程度高，系統操作安全方便；
7)長期化  采用自然界土壤中的微生物經純種培養，具有良好的適溫性，在-5℃～75℃范圍內均能快速高效分解糞便及廁所用紙，微生物生命力強，使用時間長達15～20年；
8)系列化  根據日使用人次設置多種規格，廁位可根據具體要求組合使用，并可配置洗手間或管理人員間。